Η προστασία του θαλάσσιου οικοσυστήματος αποτελεί βασική μέριμνα της ΕΥΔΑΠ.
Η Εταιρεία εντάσσει στις διαδικασίες της δράσεις που συμβάλλουν αποτελεσματικά στη διατήρηση της καλής κατάστασης του θαλάσσιου οικοσυστήματος, σε συμμόρφωση με την περιβαλλοντική νομοθεσία και τις περιβαλλοντικές πολιτικές, όπως αυτές έχουν ενσωματωθεί στο Εθνικό και Ευρωπαϊκό Δίκαιο.
Η κατάσταση όμως του θαλάσσιου περιβάλλοντος των υδάτινων αποδεκτών εξαρτάται από μια σειρά παραγόντων που δεν εμπίπτουν στις αρμοδιότητες της ΕΥΔΑΠ (παράνομες απορρίψεις λυμάτων, ναυτικά ατυχήματα, απορροές ομβρίων κλπ).
Η ΕΥΔΑΠ μέσω του αποχετευτικού της δικτύου έκτασης 8.500χλμ περίπου συλλέγει τα αστικά λύματα των περιοχών αρμοδιότητάς της που σήμερα διαθέτουν δίκτυο αποχέτευσης. Η επεξεργασία τους γίνεται στα 3 Κέντρα Επεξεργασίας Λυμάτων, τη Μεταμόρφωση, το Θριάσιο και την Ψυττάλεια.
Η επεξεργασμένη εκροή των ΚΕΛ καταλήγει στη θάλασσα απαλλαγμένη από το ρυπαντικό τους φορτίο σε ποσοστό περίπου 95%.
Η αποτελεσματικότητα της λειτουργίας των ΚΕΛ και οι αναλύσεις ποιότητας των επεξεργασμένων εκροών τους προκύπτουν από εργαστηριακές αναλύσεις και είναι προσβάσιμες σε κάθε ενδιαφερόμενο μέσω της Εθνικής Βάσης Δεδομένων για την Παρακολούθηση της Λειτουργίας των Εγκαταστάσεων Επεξεργασίας Λυμάτων του ΥΠΕΝ http://astikalimata.ypeka.gr/
Καθοριστικό παράγοντα για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος αποτελεί και η υλοποίηση των έργων αποχέτευσης της Ανατολικής Αττικής, με την ολοκληρωμένη διαχείριση των λυμάτων και της επαναχρησιμοποίησης των επερξεργασμένων εκροών για άρδευση, με στόχο την ελαχιστοποίηση της διάθεσής τους στη θάλασσα και με αδιαμφισβήτητα θετικό αντίκτυπο στην προστασία των θαλάσσιων οικοσυστημάτων.
